学院拥有 附属医院、研究所以及其它市级医院、特色性医院等十五所临床教学实习基地，教育质量闻名海内外。

·附属医院 ：
龙华医院、曙光医院、岳阳中西医结合医院、普陀区中心医院；
·研究所 ：
上海市针灸经络研究所、上海市气功研究所；
·其它市级医院：
瑞金医院、上海市第一人民医院、上海市第六人民医院、上海市中医医院；
·特色性医院 ：
香山医院、天山中医医院、黄浦区中西医结合医院、静安区中心医院、
普陀区中心医院、普陀中医院。